Mzml Binary Options

Msaccess msaccess es una herramienta de línea de comandos para extraer datos y metadatos de archivos de datos. Ejemplos (vea más adelante para más opciones, vea aquí para más detalles sobre la opción --filter): msaccess data. mzML - x spectrumtable (crea data. mzML. spectrumtable. txt con información resumida para todos los espectros como leída de los encabezados de exploración) Msaccess data. mzML - x binario index0,3 (crea archivos data. mzML. binary..txt con datos binarios para los espectros de 0 a 3) msaccess data. mzML - x slice delimitertab index2,6 mz100,600 (crea data. mzML. Slice. index2-6.mz100.0000-600.0000.tsv con una tabla de datos en el rango seleccionado) msaccess data. mzML - x tic mz409,410 delimitercomma --filtermsLevel 2 (crea data. mzML. tic.409.00-410.00. Csv con la información de la corriente de iones totales para el rango de masas 409-410 en las exploraciones ms2) Tenga en cuenta que esto también podría lograrse como: msaccess data. mzML - c cfg. txt donde cfg. txt es un archivo que contiene las líneas exec tic mz409,410 delimitercomma filter MsLevel 2 msaccess data. mzML - x image width800 height600 (crea data. mzML. image con una imagen pseudo-2D-gel del archivo de datos, tamaño 800x600 píxeles) Ejecute msaccess sin argumentos de línea de comandos para ver este mensaje de uso: Uso: Opciones de msaccess nombres de archivos MassSpecAccess - el acceso de línea de comandos a los archivos de datos de especificaciones de masa utiliza - x / - exec para especificar el comando de análisis. - f --filelist arg. Archivo de texto que contiene nombres de archivo para procesar - o --outdir arg (.). Directorio de salida - c --config arg. Archivo de configuración (que contiene la configuración como optionNamevalue) - x --exec arg. Comando de ejecución, por ejemplo --exec tic mz409-412 --filter arg. Añadir un filtro de lista de espectro, p. --filtermsLevel 2,3 (vea la lista completa de tipos de filtros admitidos aquí) - v --verbose. Mensajes de progreso de impresión Comandos de análisis (utilizados con - x / - exec): metadatos (escribir metadatos a nivel de archivo) runsummary msLevelsltintsetgt chargesltintsetgt delimiterltfixedspacecommgatgt (imprimir estadísticas de resumen sobre una ejecución) msLevels: si se especifica, el resumen sólo opera en estos niveles de MS Todos los niveles de MS cargas: si se especifica, el resumen sólo opera en estos estados de carga por defecto es todos los cargos delimitador: define la separación de columna por defecto es fijo ancho spectrumtable delimiterltfixedspacecommatabgt (escribir metadatos de espectro como leído de encabezados de exploración, en un formato de tabla) delimitador: Por defecto se fija anchura binary indexltspectrumIndexLowgt, ltspectrumIndexHighgt snltscanNumberLowgt, ltscanNumberHighgt precisionltprecisiongt (escribir datos binarios para espectros seleccionados) índice: escribir datos para espectros en este rango de índices sn: escribir datos para los espectros en este número de exploración rango precision: write d decimales slice mzltmzLowgt, Mz: set m / z rango rt: set intervalo de rango de tiempo de retención: conjunto de rango de índice de espectro sn: set número de exploración rango delimitador: establece la separación de columna predeterminada (por defecto) Mz: set mz range delimiter: establece la separación de columnas default es anchura fija sic mzCenterltmzgt radiusltradiusgt radiusUnitsltamuppmgt delimiterltfixedspacecommgatgt (escribir el cromatograma iónico seleccionado para un m / z y Rayo) mzCenter: set mz valor radio: set radius valor radiusUnits: conjunto de unidades para el valor de radio (debe ser amu o ppm) delimitador: establece la separación de columnas por defecto es fijo anchura imagen args - ver lista (crear imagen pseudo-2D-gel) args (Establecer el valor de escala del histograma) zRadiusltNgt (establecer la función de intensidad z-score radius, default2) escanear (establecer el número de fichero a xxxx) mzltmzLowgt, ltmzHighgt (establecer m / z intervalo de corte) timeScaleltNgt (Usar el gradiente de escala de grises) binSum (intensidad de suma en los compartimientos, si no se muestra la intensidad máxima) ms2locs (Conjunto de ms2 ids del archivo de salida msinspect xxx) flatltxxxgt (conjunto de ms2 ids del archivo delim del tabulador xxx) widthltxxxgt (fija el ancho de la imagen a xxx píxeles, se calcula el valor por defecto ) Heightltyyygt (establece la altura de la imagen a píxeles yyy, se calcula por defecto) msaccess data. mzML - x tic mz409-410 --filtermsLevel 2 (crea data. mzML. tic.409.00-410.00.txt con la información actual de iones totales para el rango de masas 409 -410 in ms2 scans) Esto también se puede lograr como msaccess data. mzML - c mycfg. txt donde mycfg. txt es un archivo que contiene las líneas exec tic mz409-410 filtro msLevel 2 msaccess data. mzML - x spectrumtable (crea datos. MzML. spectrumtable. txt con información de resumen para todos los espectros como lectura de los encabezados de exploración) msaccess data. mzML - x binario index0-3 (crea archivos data. mzML. binary..txt con datos binarios para los espectros de 0 a 3) msaccess datos. mzML - x slice index2,6 mz100,600 delimitertab (crea data. mzML. slice. index2-6.mz100.0000-600.0000.tsv con una tabla de datos en el rango seleccionado) msaccess data. mzML - x image width800 height600 (Crea data. mzML. image con imagen pseudo-2D-gel del archivo de datos) Preguntas, comentarios e informes de errores: proteowizard. sourceforge. net supportproteowizard. org Liberación de ProteoWizard: 3.0.4388 Fecha de creación: Mar 14 2013 12:14 : 30msconvert msconvert es una herramienta de línea de comandos para la conversión entre varios formatos de archivo. Para los usuarios de Windows, el programa msConvertGUI también está disponible para una fácil conversión de archivos. Leer: formatos abiertos, formatos de proveedores (formatos soportados por ProteoWizard) Escribir: formatos abiertos. Además, msconvert puede realizar varios filtros y transformaciones (enumerados aquí) en sus archivos de entrada. Msconvert data. RAW (crea data. mzML en el directorio actual) msconvert data. RAW --mzXML (crea datos. mzXML en el directorio actual) msconvert. RAW - o myoutputdir (convierte todos los archivos que coincidan con. RAW a mzML, archivos de salida creados en myoutputdir) msconvert data. RAW --zlib --filter peakPicking true 2,3 (use compresión zlib para datos binarios Arrays y use el centroiding del proveedor para msLevels en 2,3) msconvert data. RAW --filter msLevel 2 (sólo escriba ms2 escanea) msconvert data. RAW --filter msLevel 2- (sólo escriba ms2 y escaneos superiores) msconvert data. RAW --filtro zeroSamples removeExtra (omita muestras de valor cero que no están al lado de muestras que no sean cero) msconvert data. RAW --32 --zlib --filter peakPicking true 1- --filter zeroSamples removeExtra (varios trucos para crear una más pequeña Archivo, al igual que el viejo programa de conversión ReAdW) Ejecución msconvert sin argumentos produce esta salida útil: Uso: msconvert options filemasks Convertir los formatos de archivo de datos de especificación de masa. Valor devuelto: de archivos fallidos. Opciones: - f --filelist arg. Especifique un archivo de texto que contenga nombres de archivo - o --outdir arg (.). Establecer el directorio de salida (- para stdout). - c --config arg. Archivo de configuración (optionNamevalue) --outfile arg. Anula el nombre del archivo de salida. - e --ext arg. Establece la extensión de los archivos de salida mzMLmzXMLmgftxtmz5 --mzML. Escribe el formato mzML por defecto --mzXML. Escribe el formato mzXML --mz5. Escribe el formato mz5 --mgf. Escribir Masco formato genérico --texto. Escriba el formato de texto interno de ProteoWizard --ms1. Escriba el formato MS1 --cms1. Escriba el formato CMS1 --ms2. Escriba el formato MS2 --cms2. Escriba el formato CMS2 - v --verbose. Mostrar información detallada del progreso --64. Establezca la codificación binaria predeterminada en la precisión de 64 bits predeterminada -32. Establezca la codificación binaria predeterminada a la precisión de 32 bits --mz64. Codificar valores m / z en precisión de 64 bits predeterminada --mz32. Codificar valores m / z en precisión de 32 bits --inten64. Codificar los valores de intensidad en la precisión de 64 bits --inten32. Codificar valores de intensidad en 32 bits de precisión por defecto --noindex. No escriba el índice - i --contactInfo arg. Nombre de archivo para información de contacto - z --zlib. Utilizar la compresión de zlib para datos binarios --numpressLinear toler. Use numpress lineal predicción compresión con pérdida para mz binario y rt datos (error relativo garantizado menos de tolerancia dada, el valor predeterminado es 2e-009) --numpressPic. Use numpress positivo entero compresión lossy para intensidades binarias (máximo 0.5 error absoluto garantizado) --numpressSlof toler. Use la compresión con pérdida de flotador registrada corta del numpress para las intensidades binarias (error relativo garantizado menos que tolerancia dada, el defecto es 0.0002) - n --numpressAll. Mismo que --numpressLinear --numpressSlof (ver github / fickludd / ms-numpress para más información) - g --gzip. Gzip archivo de salida completo (agrega. gz al nombre de archivo) --filter arg. Agregue una lista de espectro --merge. Crear un único archivo de salida de múltiples archivos de entrada mediante la fusión de metadatos a nivel de archivo y concatenar las listas de espectro --simAsSpectra. Escriba el monitoreo de iones seleccionados como espectros, no cromatogramas --srmAsSpectra. Escriba la monitorización de la reacción seleccionada como espectros, no cromatogramas --combineIonMobilitySpectra. Escriba todos los cuadros de dispersión / exploraciones en un marco / bloque como un espectro en lugar de espectros individuales --acceptZeroLengthSpectra. Algunos lectores de proveedores tienen una manera eficiente de filtrar los espectros vacíos, pero tarda más tiempo en abrir el archivo --ignoreUnknownInstrumentError. Si es cierto, si un instrumento no puede determinarse a partir de un archivo de proveedor, no será un error --help. mostrar este mensaje, con detalles adicionales sobre las opciones de filtrado Opciones de filtrado de ejecutar este comando --help para ver más detalle índice ltindexvaluesetgt msLevel ltmslevelsgt chargeState ltchargestatesgt precursorRecalculation mzRefiner input1.pepXML input2.mzid msLevelslt1-gt thresholdScoreltCVScoreNamegt thresholdValueltfloatsetgt thresholdStepltfloatgt maxStepsltcountgt lockmassRefiner mzltrealgt mzNegIonsltreal (MZ) tolltreal GT (1.0 Daltons) gt pico peakSpaceltminimum ratiogt señal-ruido precursorRefine peakPicking ltPickerTypegt snrltminimum spacinggt msLevelltmslevelsgt scanNumber ltscannumbersgt scanEvent ltscaneventsetgt SCANTIME ltscantimerangegt sortByScanTime stripIT metadataFixer titleMaker umbral ltformatstringgt lttypegt ltthresholdgt ltorientationgt ltmslevelsgt mzWindow ltmzrangegt mzPrecursors ltprecursormzlistgt defaultArrayLength ltpeakcountrangegt zeroSamples ltmodegt ltMSlevelsgt mzPresent lttolerancegt lttypegt ltthresholdgt ltorientationgt ltmzlistgt ltincludeorexcludegt scanSumming precursorTolltprecursor tolerancegt scanTimeTolltscan tiempo tolerancegt MS2Denoise ltpeaksinwindowgt ltwindowwidthDagt multichargefragmentrelaxation MS2Deisotope contrata mzTolltmzTolgt Poisson minChargeltminChargegt maxChargeltmaxChargegt ETDFilter ltremovePrecursorgt ltremoveChargeReducedgt ltremoveNeutralLossgt ltblanketRemovalgt ltmatchingTolerancegt chargeStatePredictor overrideExistingChargelttruefalse (falso) gt maxMultipleChargeltint (3) gt minMultipleChargeltint (2) singleChargeFractionTICltreal gt (0,9) gt maxKnownChargeltint (0) gt makeMS2lttruefalse (falso) gt turbocompresor minChargeltminChargegt maxChargeltmaxChargegt precursorsBeforeltbeforegt precursorsAfterltaftergt halfIsoWidthlthalf-anchura de aislamiento windowgt activación defaultMinChargeltdefaultMinChargegt defaultMaxChargeltdefaultMaxChargegt useVendorPeaksltuseVendorPeaksgt ltprecursoractivationtypegt analizador ltanalyzergt analyzerType ltanalyzergt polaridad ltpolaritygt convertir data. RAW a data. mzML msconvert data. RAW convertir data. RAW a los datos msconvert data. mzXML. RAW --mzXML poner el archivo de salida en myoutputdir msconvert data. RAW - o myoutputdir extraer los índices de exploración 5. 10 y 20. 25 msconvert data. RAW --filter quotindex 5,10 20,25quot extraer MS1 escanea sólo msconvert data. RAW - - filtro quotmsLevel 1quot extraer MS2 y MS3 escanea sólo msconvert data. RAW --filter quotmsLevel 2-3quot extraer MSn escanea para ngt1 msconvert data. RAW --filter quotmsLevel 2-quot aplicar ETD precursor masa filtro msconvert data. RAW --filter ETDFilter Eliminar muestras de valor cero no flanqueantes msconvert data. RAW - filtro quotzeroSamples removeExtraquot eliminar muestras de valor cero no flanqueantes en MS2 y MS3 sólo msconvert data. RAW --filtro quotzeroSamples removeExtra 2 3quot agregar muestras de valor cero que faltan (con 5 ceros flanqueantes) En MS2 y MS3 sólo msconvert datos. RAW - filtro quotzeroSamples addMissing5 2 3quot mantener sólo HCD espectros de un archivo de datos de árbol de decisión msconvert data. RAW - filtro quotactivation HCDquot mantener los 42 picos o muestras (dependiendo de si los espectros son centroide o Perfil): msconvert data. RAW --filtro quotthreshold count 42 más-intensoquot múltiples filtros: seleccionar números de escaneo y recalcular precursores msconvert data. RAW --filtro quotscanNumber 500,1000quot --filter quotprecursorRecalculación en varios filtros: Bottom 100 picos: msconvert data. RAW --filter quotpeakPicking true 1-quot --filtro quotthreshold count 100 menos-intensocuatro filtros múltiples: aplica picking pico y luego guarda todos los picos que son al menos 50 de la intensidad del pico base: msconvert Data. RAW --filter quotpeakPicking true 1-quot --filter quotthreshold bpi-relativo .5 más intensoutilizar un archivo de configuración msconvert data. RAW - c config. txt archivo de configuración de ejemplo mzXMLtrue zlibtrue filterquotindex 3,7quot filterquotprecursorRecalculationquot Preguntas, comentarios, Y los informes de errores: proteowizard. sourceforge. net supportproteowizard. org ProteoWizard versión: 3.0.9134 (2017-11-11) ProteoWizard MSData: 3.0.9134 (2017-11-11) Análisis de ProteoWizard: 3.0.9098 (2017-11-1) ) Fecha de creación: Nov 13 2017 11: 57: 52Espectrómetro de Masas Formato de Archivo de Salida mzML Los precios brutos finales pueden variar según el IVA local. Resumen La espectrometría de masas es una técnica importante para el análisis de proteínas y otros compuestos biomoleculares en muestras biológicas. Cada uno de los vendedores de estos espectrómetros de masas utiliza un formato de archivo de salida binario propietario diferente, lo que ha impedido el intercambio de datos y el desarrollo de software de código abierto para el análisis de aguas abajo. La solución ha sido desarrollar, con la plena participación de investigadores académicos así como proveedores de software y hardware, un formato abierto basado en XML para codificar los archivos de salida del espectrómetro de masas, y luego escribir software para usar este formato para archivar, compartir y tratamiento. Este capítulo presenta los diversos componentes e información disponibles para este formato, mzML. Además del esquema XML que define la estructura del archivo, un vocabulario controlado proporciona términos claros y definiciones para los metadatos espectrales y un archivo de asignación de reglas de validación semántica permite que el validador semántico mzML asegure que un documento mzML cumple con uno de varios niveles de Requisitos. La documentación completa y los archivos de ejemplo aseguran que el formato puede ser implementado uniformemente. En el momento del lanzamiento, ya existían varias implementaciones del formato y los vendedores se han comprometido a apoyar el formato en sus productos. Palabras clave Formato de archivo mzML Estándares XML Vocabulario controlado